Vaiņodes Mūzikas skola dibināta kā Priekules mūzikas skolas filiāle 1998. gadā. Skolas darbības uzsākšanai Vaiņodes pagasta padome piešķīra neizmantoto bijušās padomju saimniecības kantora ēku. Vasarā ar pagasta priekšsēdētāja V. Jansona atbalstu un vietējiem resursiem tiek uzsākts ēkas atjaunošanas darbs. 

         Priekules mūzikas skolas direktors Kārlis Klucis Vaiņodes filiāles vadītāja pienākumus uztic Reinim Ulbertam. Skola savas durvis pirmajiem 55 audzēkņiem vēra 1998. gada  4. septembrī. Darbu uzsāka 8 pedagogi.  

         No 2002. gada 1. marta filiāles darbu turpina Miranda Ulberte.  2003. gada 4. februārī Vaiņodes pagasta padome pieņem lēmumu par patstāvīgas Vaiņodes Mūzikas skolas statusa iegūšanu. Vaiņodes Mūzikas skola kā patstāvīga profesionālās izglītības mācību iestāde saņem reģistrācijas apliecību 2003. gada 21. martā.

2019. gada 1. oktobrī par Vaiņodes Mūzikas skolas direktori apstiprina Gunitu Riežnieci.